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我KOKapp绘制首个公猪完整基因组图谱
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记者12月17日从中国农业大学动物科学技术学院获悉,该院教授方美英团队在国际期刊《自然·遗传》上发表了重要科研成果,成功发布了全球首个公猪T2T(端粒到端粒)完整基因组(T2T-pig1.0)。这一研究为猪基因组的深入研究提供了关键的基础数据,对猪品种的改良具有重要的指导意义,同时也拓展了猪作为生物医学研究模式动物的应用潜力。
自约1万年前家猪被驯化以来,它已成为全球重要的农用动物及生物医学研究的模式动物。然而,由于测序技术的限制,现有的猪参考基因组在重复序列丰富的区域仍存在数百个未解析的缺口,包括着丝粒和Y染色体的异染色质区。此外,高质量、完整的家猪基因组资源的缺乏,使得对其基因组进化机制及其独特性状的关键突变研究仍然缺乏重要的基因组资源支持。
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该研究以中国五指山小型猪为模型,首次完成了公猪的端粒到端粒无间隙基因组组装,其中包括完整的Y染色体和着丝粒区域。论文的共同通讯作者方美英表示,该研究构建了一个包含26.3亿个碱基对、质量值达到51.41的无缺口T2T基因组。与现有参考基因组相比,该基因组新增了解析区域1亿9442万个碱基对,其中包含1189个基因。基于基因组分析,该研究揭示了亚洲猪基因组的三种主要祖源成分,并确认东北亚猪种中存在欧洲猪的遗传成分,进一步精准地揭示了家猪群体的遗传结构及亚洲猪群之间的基因渗入关系。
“此外,本研究在中国五指山小型猪的基因组中发现了133个受到强烈选择的新基因,这些基因可能与其小体型性状相关。研究还首次解析了多肽N-乙酰氨基半乳糖转移酶13基因调控体型性状的机制,为小体型猪的培育提供了宝贵的基因素材。”方美英说。(记者马爱平)
(责编:郝孟佳、刘凡)
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